El pabellón de la oreja se desarrolla a partir de las seis protuberancias de los arcos mandibular e hioideo, que se funden hacia el tercer mes de vida fetal. El trago se origina en el primer arco (mandibular) y el resto de la oreja deriva de las cinco prominencias restantes que se originan en el segundo arco (hioideo). Las fallas de diferenciación de los arcos branquiales 1º y 2º pueden afectar a la oreja y producir microtia, anotia o mal posición del pabellón auricular.
Tras una breve aposición del ectodermo y el endodermo se produce una invasión mesodérmica de elementos procedentes de las partes superior e inferior que las separan. Estos rudimentos mesodérmicos formaran los huesecillos, al tiempo que se desarrolla el primitivo sistema tubo timpánico.
El CAE se desarrolla como un engrosamiento ectodérmico en el extremo superior de la primera hendidura faríngea externa. El piso del surco se profundiza en el mesodermo subyacente para formar un tapón meatal cilíndrico que termina adosándose a la pared lateral y al piso del extremo expandido del receso tubo timpánico. El tapón meatal ectodérmico se ahueca después de formar un conducto en el cual se desarrollan folículos pilosos y glándulas ceruminosas. La falta de desarrollo del primer surco branquial acarrea estenosis o atresia del CAE.